Isso soa muito empresarial (como no preço).
datadomain oferece desduplicação de dados e talvez netapp com seu sistema de arquivos wafl. Mas a um alto custo.
Uma alternativa "livre" poderia ser zfs.
De acordo comigo, embora a alternativa "melhor" e mais Linuxy, embora em nível de arquivo em vez de "nível de bloco", seja rsnapshot. Ele usa rsync e hardlinks para gerenciar o controle de versão.
Eu confio em ferramentas antigas e comprovadas do que em usar um novo sistema de arquivos como o Btrfs, que não existe há tempo suficiente para que as pessoas descubram todos os tipos de bugs desagradáveis.