Eu não tenho uma resposta para fechá-lo com o teclado, mas se você editar o /usr/share/gnome-shell/js/ui/autorunManager.js e alterar a linha
this.setUrgency(MessageTray.Urgency.CRITICAL);
para
this.setUrgency(MessageTray.Urgency.NORMAL);
Ele só irá aparecer por alguns segundos e depois desaparecerá. Você ainda terá o ícone no painel, ele não vai te incomodar.