Eu não acho que isso seja ideal, mas você poderia:
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cp todos os arquivos pdf dos subdiretórios em um diretório.
mkdir all-in-one find SomeDirectory -iname '*.pdf' -exec cp {} all-in-one/
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concatena-os
cd all-in-one pdftk *.pdf output output.pdf
A desvantagem desta solução é que você tem que copiar todos os arquivos.