Você pode fazer isso de duas maneiras.
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Gráfico - basta criar um novo usuário e criptografar seu diretório pessoal.
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Linha de comando para migrar realmente seu diretório pessoal (sem opção gráfica).
Inicialize no modo de recuperação, inicie um shell de root
Remontar / em rw
mount --options remount,rw /
Migrar
ecryptfs-migrate-home --user your_user
reiniciar
Veja também - link