Esse problema ficou ainda pior com o Nautilus travando toda vez que eu tentei mover um arquivo, inserir um endereço ou abrir um arquivo por meio de outro aplicativo. Mas encontrei a solução para esse problema.
libgdk-pixbuf2.0-0
Em algum momento eu tinha instalado um PPA de testes do GNOME, eu acho que um tempo atrás para tentar resolver um problema que eu estava tendo com o Evolution, então esqueci sobre isso.
Esse PPA atualizou minha versão desse arquivo da versão estável do Utopics libgdk-pixbuf2.0-0: 2.30.8-1 para a versão de desenvolvimento libgdk-pixbuf2.0-0 : 2.31.1-1
Eu não consegui fazer o downgrade desse pacote, mas usando o comando a seguir, consegui localizar o PPA problemático que atualizou este pacote:
apt-cache policy libgdk-pixbuf2.0-0
Isso me mostrou o PPA ao qual o pacote pertencia. Em seguida, usei o PPA Purge para reverter todas as alterações feitas por esse PPA em particular
sudo apt-get install ppa-purge
sudo ppa-purge [ppa to be purged]
Isso reverteu todas as mudanças e restaurou tudo de volta ao normal, desde caixas de seleção até o uso do nautilus.
Espero que isso ajude alguém, pois este é um problema profundamente frustrante, sem resposta ou causa óbvia. Eu já disse isso antes e vou dizer de novo, o Ubuntu lida muito mal com um dos seus melhores ativos, os PPAs. Não ser capaz de ver rapidamente seus PPAs de uma maneira significativa (em vez de uma lista de URLs) ou ver quais pacotes eles instalam ou, de fato, quais pacotes de PPA pertencem a uma falha séria e leva a muitas horas de frustração. Mas com o Ubuntu Software Center sendo abandonado, os PPAs são a única maneira de atualizar o software.