Quaisquer alterações feitas após a inicialização com um Ubuntu USB ao vivo (incluindo arquivos / pastas criadas) geralmente são apagadas quando você é desligado, a menos que você tenha feito o USB persistente ao ser criado. Isso significa que um arquivo é criado no USB onde as alterações são armazenadas. A persistência geralmente não é feita por padrão - somente se você solicitar quando você criar o USB.
Se você quiser tornar o USB persistente, será necessário criá-lo novamente do zero e criar um arquivo persistente. Acredito que o programa do PenDriveLinux e o criador do Live USB do Ubuntu podem torná-lo persistente.
(tecnicamente, eu não acho que os arquivos estão realmente apagados quando você desliga - eu acredito que eles só existem na RAM e não são copiados para o USB)