Você pode alcançar o que deseja, criando dois meta pacotes (que contêm apenas dependências) que fornecem um pacote virtual (que existe para declarar algumas funcionalidades que outro pacote pode fornecer). Então:
Package: nvidia-dependencies-340
Provides: nvidia-dependencies
Depends: nvidia-340 (>=340.29), nvidia-340-uvm (>=340.29), nvidia-340-dev (>=340.29), etc...
Package: nvidia-dependencies-343
Provides: nvidia-dependencies
Depends: nvidia-343 (>=343.0), nvidia-343-uvm (>=343.0), nvidia-343-dev (>=343.0), etc...
Package: my-application
Depends: nvidia-dependencies
HTH,
* t