O Ubuntu / grub não deve estar afetando a inicialização do instalador do Windows se o instalador for a primeira coisa a inicializar. Talvez seja necessário alterar sua ordem de inicialização no BIOS.
Eu tenho um disco de instalação do Windows 8.1 que funciona confirmado (usei para instalar completamente o windows 8.1 em outro computador com uma instalação corrompida do Windows Vista, na qual estou digitando essa pergunta) e os mesmos dados em um USB inicializável testado para garantir que foi configurado corretamente. Não consigo fazer com que a máquina Ubuntu inicialize a partir do disco ou do USB, independentemente da ordem de inicialização ou da configuração do BIOS.
Depois de tentar inúmeras soluções que encontrei através deste site e de muitas outras (quase todas com o Windows inicializável disco / USB para funcionar), instalei o Ubuntu novamente via live CD e simplesmente reformatei a partição com o Ubuntu nele para NTFS, e ainda não consigo arrancar a partir de USB ou disco, e o GRUB não lista a inicialização a partir do disco como uma opção.
Atualmente, estamos trabalhando para remover o GRUB sem precisar que a máquina reconheça um disco do Windows usando o lilo. Edit: getting "não pode abrir / dev / sda: permissão negada". Vai reinstalar o Ubuntu e tente novamente.
O Ubuntu / grub não deve estar afetando a inicialização do instalador do Windows se o instalador for a primeira coisa a inicializar. Talvez seja necessário alterar sua ordem de inicialização no BIOS.