Isso pode ser feito usando um script crossfade_cat.sh como aprendi em esta resposta por Frank Zalcow no estouro de pilha.
Estou usando este script (fornecido na resposta) para chamá-lo
crossfade_dur=1
i=0
for file in *.wav
do
i=$((i+1))
if [ $i -eq 1 ]
then
cp $file mix.wav
else
crossfade_cat.sh $crossfade_dur mix.wav $file auto auto
fi
done
Eu tinha todos os arquivos no mesmo diretório e tornei os scripts executáveis. Funcionou para mim