Quando você excluiu sua partição inicial, talvez tenha removido o alias de ls configurado por padrão e que estaria em ~/.bashrc . Como você manteve o mesmo diretório inicial ao instalar o Ubuntu, essa teoria explica o que você está experimentando.
Para testar se esse é o caso, use
ls --color=auto
Se isso funcionar corretamente, você precisará restaurar os aliases padrão e algumas outras coisas. Para isso, sugiro que você copie /etc/skel/.bashrc no seu diretório pessoal (tenha cuidado se tiver personalizado o .bashrc no seu diretório inicial ).
Isso também depende do pacote coreutils (para o utilitário dircolors ), mas está instalado em todos os sistemas do Ubuntu, então estou certo de que você não está perdendo esse pacote.