Existe um script de shell muito útil para examinar a situação:
# be aware: unsupported (universe) package!
sudo apt-get install boot-info-script
sudo bootinfoscript
Você PODERIA substituir o MBR do disco não utilizado (não primário na ordem de inicialização) apagando os primeiros 100 bytes, mas por quê?
Minha recomendação é manter tudo inalterado. por exemplo. Eu sempre inicializei o grub dos meus discos não-Linux mbr, mas quando isso caiu, eu ainda tenho o grub no meu disco rígido principal e poderia continuar a usar o meu PC.