Abra o seu terminal e digite:
gksudo nautilus
Digite sua senha, o Nautilus (Navegador de Arquivos) será aberto no modo raiz, não feche o Terminal, apenas minimize-o.
Em seguida, localize seu HDD em Dispositivos, clique com o botão direito do mouse em Propriedades, vá para a guia Permissões e altere-o para seu nome de usuário e seu grupo para atender às suas permissões desejadas.
Voila, feche o Nautilus e o Terminal e seu problema está resolvido.
Se não estiver funcionando, volte aqui;)
EDIT: Marque a opção "Permisisons Change for Enclosed Files" sob Permissions