Se a sua instalação do Ubuntu está ou não criptografada não tem nada a ver com o seu problema, parece que você disse ao instalador para colocá-lo no Windows e no disco inteiro (além das partições de inicialização do uefi).
A encriptação só desempenha um papel no gparted, não sendo capaz de olhar para o layout de disco do luks ubuntu criado.
[No lado positivo, você está melhor sem o Windows]