Isto é provavelmente porque os sistemas de arquivos ntfs não foram desmontados pelo Windows e, portanto, estão marcados como sujos. Você pode limpar isso usando o comando ntfsfix
do pacote ntfsprogs
, que deve ser instalado por padrão. Deve ser algo como isto: sudo ntfsfix -d /dev/sdx1
, onde sdx1 é o sistema de arquivos ntfs que você precisa limpar.