Parece que você não pode, de acordo com este site: link
Plank é uma doca semelhante (é o núcleo da docky), e com essa você pode editar algumas preferências sobre notificações no dock. Para fazer isso, navegue até / usr / share / plank / themes e faça uma cópia da pasta que tem o nome do tema que você usa e nomeie-a para outra coisa. Entre nessa pasta e edite o arquivo dock.theme. Lá você verá algumas configurações para editar, por exemplo, UrgentBounceHeight.