Na sua área de trabalho, clique com o botão direito do mouse e selecione o novo documento, edite-o e insira:
#!/usr/bin/env xdg-open
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=sage
Exec=gnome-terminal --command="/home/mks/Desktop/sage-6.4.1-i686-Linux/sage -notebook"
Icon=/home/mks/Desktop/sage-6.4.1-i686-Linux/local/share/sage/ext/images/sagelogo.png
Categories=Application;
Salve o arquivo (e tradicionalmente denomine sagenotebook.desktop. Em seguida, basta arrastá-lo para a barra de tarefas. (Espero ter seus caminhos corretos, verifique-os apenas para ter certeza).