Eu tenho lido sobre o processo de instalação do eclipse manualmente, então essa não é a minha pergunta. Eu só me pergunto se há algum risco real para a estabilidade do sistema se eu instalar manualmente em vez de usar a linha de comando. Eu usei Juno um pouco, então eu não quero usar uma versão mais antiga que está disponível através do centro de software do Ubuntu.
Não, não é seguro. Executar scripts não confiáveis da Internet nunca é seguro. Um ppa confiável (por exemplo, dos criadores do eclipse) é o caminho preferido.
Se você executar um script da Internet, verifique se ele é de um local confiável. Um script do askubuntu pode ser bom, se for para a sua versão específica do SO e se a resposta for votada a favor.