Talvez?
Por padrão, o KDE está tentando restaurar a sessão anterior. Configurações do Sistema KDE > Inicialização e desligamento > Gerenciamento de sessão.
Tente com "Começar com uma sessão vazia".
Em outras palavras, mesmo que você feche o Nautilus antes de finalizar sua sessão do KDE. Atualmente, o KDE não é capaz de rastreá-lo corretamente e, como tal, o KDE tentará restaurar sua sessão do Nautilus mesmo que ela tenha sido fechada antes de você terminar sua sessão anterior do KDE. Este é um bug que provavelmente não será corrigido devido à sua baixa prioridade. Então, atualmente, esta é a única maneira de impedir que o KDE inicie o Nautilus no login.