Eu usei o xmodmap para mapear a tecla de menu para a tecla Control como último recurso. O script usado é o seguinte:
clear control
keycode 135 = Control_R
add control = Control_R
O script acima foi salvo em um arquivo ~/.Xmodmap
e chamado usando o comando:
xmodmap ~/.Xmodmap
para ativar a nova ligação de chave. Isso também pode ser configurado na inicialização.