Às vezes é uma coisa pequena ...
A palavra-chave de um arquivo de área de trabalho deve sempre começar com uma maiúscula, então, neste caso, é:
Type=Application (Type instead of type)
não é necessário usar python
na frente da seção /path/to/script
na linha Exec=
, IF você tornou executável AND você tem o shebang em seu script
Nota
se você executar o arquivo da área de trabalho na área de trabalho, também deverá tornar o arquivo da área de trabalho executável!