Qual comando você está usando para compilar? Parece que o sistema de compilação está gerando automaticamente um Makefile, que sobrescreve a versão que você está editando. Você pode precisar editar o arquivo que o programa de compilação usa para gerar o Makefile. Por exemplo, se você estiver usando autotools (a transação padrão "./configure; make; sudo make install"), você deve editar Makefile.am ou Makefile.in.