Instale a ferramenta gnome tweak ( gnome-tweak-tool ), e lá você tem a opção em "Windows" - > "Modo de foco da janela"
Eu sei que isso deve ser uma pergunta boba, mas como eu mudo o modo de foco da janela / terminal no Ubuntu 14.04.1 executando o GNOME Flashback (Compiz) [3.8.4]?
Instale a ferramenta gnome tweak ( gnome-tweak-tool ), e lá você tem a opção em "Windows" - > "Modo de foco da janela"