O Ubuntu 14.04 deve funcionar com o FAT32 e o NTFS desde o início. No entanto, o FAT32 tem um limite máximo de arquivo de 4 GB (quaisquer arquivos maiores que isso não podem ser colocados nele).
Se você instalar o exfat-fuse no Ubuntu digitando sudo apt-get install exfat-fuse
na linha de comando, o Ubuntu também deve montar o sistema de arquivos exFAT, que é semelhante ao FAT32, exceto que não impõe o limite de 4GB.