Encontrou este link aleatório.
Para o site não protegido, esse código
<Directory /var/www/mySubdirectory>
Options +Includes
XBitHack on
</Directory>
precisa ir em /etc/apache2/sites-available/000-default.conf
.
Para o site seguro, o código provavelmente precisa ir em /etc/apache2/sites-available/default-ssl.conf
.