Eu posso pensar em duas maneiras fáceis e sujas ... Quando instalado através do windows, o wubi irá selecionar o windows como o sistema operacional padrão, então no menu do GRUB ele aparecerá como o primeiro. Outra maneira é procurar no painel de controle do Windows, na seção de desinstalação. Se o Ubuntu é um dos programas e está disponível para desinstalar, ele foi instalado através do wubi.
Pelo que entendi, o wubi instala o ubuntu na mesma partição que aquela em que o windows está e você deve ver isso em um programa gerenciador de partição (não do próprio Ubuntu, de uma sessão ao vivo, por exemplo, ou do windows) . Se houver múltiplas partições no disco (além do sistema reservado criado pelo windows e o windows apropriado) o ubuntu foi instalado próximo ao windows.