Ao instalar o Ubuntu na unidade externa, usando a opção algo mais , é necessário garantir que você selecione o dispositivo correto para a instalação do carregador de inicialização / grub.
Normalmente Sda é a sua unidade interna e a sua unidade USB será Sdb se você não tiver nenhum outro dispositivo USB conectado.
Desta forma, o bootloader interno do disco rígido / Windows não será modificado de qualquer maneira.
Dê uma olhada na minha resposta em Como instalar o Ubuntu em unidades USB , ele tem todos os detalhes e deve ajudá-lo.
Abaixo está uma imagem, mostrando o menu 'instalação do bootloader' destacado em vermelho na parte inferior.
Fontedaimagem: