Se o sistema é estável em geral, isso poderia ser problemas individuais com os aplicativos.
Os problemas ainda podem estar relacionados de alguma forma, como se eles estivessem usando uma biblioteca ou um subsistema comum que está de alguma forma corrompido.
Em geral, geralmente é útil tentar iniciar aplicativos mal-comportados com uma configuração de usuário vazia.
Isso pode ser feito fazendo login como um novo usuário ou renomeando (ou excluindo) os arquivos de configuração do programa.
Além disso, dê uma olhada no arquivo /var/log/syslog
para problemas óbvios.
Se você puder listar mensagens de erro de outros aplicativos com falha, isso fornecerá algumas dicas.