Alguns aplicativos verificam se uma instância existente está em execução e, se houver, apenas abrirão uma nova janela no processo remoto.
Nem sempre é assim (Dolphin, o navegador de arquivos do KDE, não é estoico), e em alguns casos existem maneiras de contornar isso em algumas aplicações também (o Firefox tem uma opção-no-remote que pode ser útil ao iniciar outra instância do Firefox em outro perfil), mas isso não é garantido.
O comportamento é realmente baixo para o aplicativo individual.