Verifique suas configurações do php.ini; se você tiver um arquivo xdebug.ini
separado em /etc/php5/conf.d
contendo uma linha zend_extension=*.xdebug.so
, é possível que ele já exista no arquivo cli / php.ini principal, então quando ele tentar carregar o segundo arquivo de configuração produzir a mensagem de erro já carregada.