FINALMENTE consegui resolver este problema, afinal a solução era completamente trivial. Usando o grub-customizer, aba General settings, havia uma caixa desmarcada Check for other operating systems Uma vez que eu verifiquei isso e escrevi para o MBR, todos os meus problemas desapareceram, grub listou o linux como entrada padrão e encontrou windows.
Eu só posso imaginar que esse sinalizador foi definido antes de fazer minha grande atualização, mas a atualização desmarcou a sinalização por algum motivo completamente inexplicável.
Enfim, obrigado oldfred, pela sua paciência. ~