Você pode usar grive para sincronizar os arquivos automaticamente.
Você pode encontrar um tutorial sobre como configurá-lo aqui:
link
Eu não acho que haja uma maneira de fazer isso através do nautilus.
Não estou conseguindo fazer o upload de nenhum arquivo para o Google Drive, pois o drive é como uma pasta no Ubuntu e copiar pasta de qualquer arquivo para o drive não faz o upload e também não vi nenhuma opção para fazer upload de qualquer arquivo arquivo para o Google Drive no menu arquivo.
Então, em suma, existe alguma maneira de fazer upload de arquivos para o Google Drive usando o gerenciador de arquivos do Ubuntu