Executar:
gksudo gedit /usr/share/applications/defaults.list
No arquivo Gedit resultante, altere os arquivos torrent ou Magnet Link para abrir com deludge.desktop .
Agora, procure por "x-scheme-handler / magnet", pode não estar lá, mas apenas certifique-se de não inserir duplicatas:
A linha deve ficar assim:
x-scheme-handler/magnet=deluge.desktop
Eu tenho esse problema, adicionei esta linha ao arquivo e agora está resolvido.