A resposta para sua pergunta é um claro "NÃO".
Você deve nunca usar a mesma unidade externa para backup de dados e como dispositivo de inicialização.
Para esse propósito, eu realmente recomendo usar duas mídias diferentes.
Para backup de dados, recomendo que você use seu disco rígido externo existente. Como dispositivo de inicialização, você pode usar um DVD novo e limpo (no qual você gravou a imagem ISO) ou - como eu faço - um pendrive. Para este propósito, um pendrive com espaço de 8GB é suficiente.
Portanto, prepare este usb-stick como sua mídia de inicialização.
Para este efeito, a maneira mais segura é, para o seu unetBootin. Eu sempre uso isso e levei para limpar instalações.
Saudações Andrea