O mais provável é que a pasta na qual você está compilando esteja montada com a opção noexec
.
Por motivos de segurança, tmpfs
sob /tmp
está montado noexec
.
Mova a pasta inteira para uma montagem que possa executar programas ou remontar o local com opções diferentes. Background: O script configure precisa realizar alguns testes básicos que também envolvem compilar e executar o programa de teste compilado.