Você pode usar o comando "top" para encontrar o programa que está causando o problema. você pode matar o programa se não for necessário ou usar o pacote "cpulimit" para limitar seu uso de cpu. Para instalar o cpulimit:
apt-get instala o cpulimit
Verifique a manpage do cpulimit para ter a ideia de usá-lo.
**** Atenção: o programa limitado da CPU responderá lentamente conforme o esperado, de modo que depende totalmente de qual processo você está usando.