Seu problema não é apenas comparar os sistemas, é basicamente como você mantém cada máquina. Como, por exemplo, você faria com que todos eles instalassem o mesmo pacote ou removessem um, ou instalassem uma atualização específica antes de uma atualização e reinicialização automatizadas?
Existem ferramentas como o Landscape (precisa de uma assinatura de suporte com a Canonical) que facilite muito esse aspecto.
Além disso, eu começaria certificando-se de que todas as máquinas tivessem um usuário administrador com uma chave SSH específica instalada. Você poderia começar com uma máquina e clonar isso em todas as outras. Uma vez que você tenha conseguido usar algo como clusterssh para lidar com uma carga inteira de computadores e executar o mesmo em cada um deles:
cssh -a '/usr/bin/benchmark' admin@host1 admin@host2 admin@host3 admin@host4
Se você não precisa das instalações de longo prazo, você pode apenas criar um LiveUSB que carregue automaticamente o seu benchmark e o envie para um servidor central. Faça algumas cópias e apenas em lote em torno da rede. Ou o mesmo com o netboot PXE. Todas as opções.