Esta provavelmente não é a resposta que você estava procurando.
Na verdade, presumi que isso seria fácil de resolver. Eu tentei fazê-lo funcionar no Linux; Eu definitivamente entrei no caminho certo, mas embora o aplicativo (na verdade) não reclame sobre os caminhos (executando-o a partir do terminal), eu não consegui fazê-lo funcionar no Linux. Olhando para postagens na internet sobre o assunto, encontrei outras com o mesmo problema, mas nenhuma solução confirmada.
Outra coisa é que os criadores parecem não gostar muito de sua própria versão Linux:
"Note that the Linux version of Chemcraft has some significant
disadvantages. We were unable to make it as efficient as the Windows
version."
Uma solução
Ao todo, gostaria de sugerir o WINE, como os criadores de ChemCraft sugerem aos usuários do MAC.
"If you work under Mac and want to use Chemcraft, you can install Wine."
O Wine é uma camada de compatibilidade para o Linux (também para o MAC). Você pode encontrar o WINE no Centro de Software.
A boa notícia é que eu baixei para rodar no WINE, e ele começou de imediato, tudo correu bem sem nenhum problema, até onde eu posso ver.