Você pode iniciar o byobu ou o tmux com várias janelas ou divisões, executando o shell padrão ou qualquer programa que você queira. Veja a página do manual do tmux para uma lista completa e descrições de todos os comandos aceitos pelo tmux.
Em geral, qualquer comando do tmux pode ser passado como argumentos para byobu. Vários comandos podem ser encadeados usando \;
. Aqui estão alguns exemplos de usos que podem ajudá-lo a fazer o que quiser.
Inicie o byobu com 3 janelas de shell
byobu new-session \; new-window -d \; new-window -d
Inicie o byobu com um shell e vim em uma divisão lado-a-lado
byobu new-session \; split-window -d -h vim
Iniciar byobu com 2 vims em divisão empilhada e uma segunda janela
byobu new-session vim \; split-window -d vim \; new-window -d
Quanto à sua pergunta sobre copiar texto de uma divisão (suponho que você esteja falando de uma divisão lado-a-lado), a melhor opção é provavelmente usar Shift + F11 para ampliar temporariamente a divisão para ocupar toda a janela. Depois de copiar o texto, a divisão pode ser restaurada com Shift + F11 novamente.