Seu DocumentRoot deve se referir ao diretório dentro do qual todos os seus arquivos estão localizados, não a nenhum arquivo .
O que está acontecendo aqui é que você especificou /home/user/Documents/Git/site/index.html como raiz do documento, portanto, o Apache está aguardando antecipadamente essa sequência para qualquer caminho solicitado.
Portanto, por exemplo, se você solicitar http://site.com/ , o Apache procurará um diretório chamado /home/user/Documents/Git/site/index.html/ em seu sistema e procurará um arquivo de índice dentro dele. Mas index.html não é um diretório, então isso está falhando.
Tente remover o /index.html do final de DocumentRoot .