O Gparted deve poder particionar unidades flash USB. Utilitário de disco do Ubuntu deve ser capaz de fazê-lo também, você precisa ter certeza de que não é montado primeiro. No utilitário de disco, há uma opção para desmontar o dispositivo. Caso contrário, o fdisk deve definitivamente funcionar se você estiver satisfeito com a linha de comando.
Eu já instalei o Linux em drives USB antes e eles iniciam bem. Lembre-se de instalar o grub na unidade USB.