Você pode usar um "arquivo preseed" para executar comandos durante a instalação do Ubuntu. Um parâmetro específico é um "late_command" ou "success_command" que será executado assim que a maior parte do sistema estiver instalada. Você pode adicionar entradas de montagem ao fstab, ou até mesmo linhas no rc.local, aqui para que, quando o sistema inicializar, ele monte sua partição do Windows.
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Existem várias maneiras de fornecer uma pré-configuração, que é a melhor depende do seu ambiente de instalação. Você quer fazer isso por vários computadores em casa? Precisa provisionar várias dezenas de sistemas para um laboratório escolar? Precisa implantar em centenas de computadores em uma empresa? Isso influenciará a melhor maneira de fornecer a pré-configuração.