Com relação à questão 2, você não pode - pelo menos, não facilmente. O Ubuntu segue o modelo Unix de colocação de arquivos, o que é bastante rígido sobre onde certas coisas acontecem. Por exemplo, os binários do usuário (arquivos de programa) quase sempre residem em /bin , /usr/bin ou /usr/local/bin , dependendo do tipo de programa que eles são. Além do mais, os arquivos de pacote que você instala colocam os binários nesses locais e os movem de seus locais originais é desaconselhável porque isso quebraria o sistema de pacotes, complicando as atualizações de software.
O que você pode fazer é montar diferentes partições em determinados locais. Por exemplo, você pode ter uma partição separada para /usr ou /usr/local para isolar binários em suas próprias partições. Isso é feito mais facilmente quando você instala o Ubuntu. Também é algo que não é recomendado para novatos porque você precisa entender as necessidades de espaço em disco, as regras para o que pode ser dividido em partições separadas, etc., e os novatos geralmente não possuem esse conhecimento em nível de especialista.
Observe que o modelo de disco estruturado do Linux é diferente daquele do Windows, que historicamente encorajou muitas maneiras diferentes de usar o disco, incluindo mais mistura de dados do usuário e do sistema operacional. Alguns usuários experientes do Windows desenvolveram seus próprios sistemas para organizar dados, que podem ou não se traduzir bem no mundo Unix / Linux. Além disso, o Linux não faz muita distinção entre a instalação inicial do sistema operacional e os aplicativos instalados posteriormente, como é o caso do Windows, portanto, isolar os aplicativos instalados raramente faz muito sentido.
Você não diz na sua pergunta por que deseja colocar seus aplicativos em uma partição separada. Dependendo de suas necessidades, pode haver maneiras de fazer o que você deseja no modelo Unix / Linux. Por exemplo, algumas pessoas dividem /home em uma partição separada. Como a maioria dos arquivos de usuários são colocados em subdiretórios do /home , isso tem o efeito de isolar os arquivos do usuário dos arquivos do SO, o que pode simplificar o backup e certos tipos de tarefas de reinstalação.
Outra complicação no seu caso é que você fez uma instalação do WUBI. O WUBI instala o Linux de maneira estranha, usando um arquivo em uma partição do Windows em vez de uma partição separada do Linux. A WUBI está sendo abandonada e geralmente não é uma maneira recomendada de instalar o Linux.
No geral, eu diria que você pode ser melhor eliminando WUBI, reparticionando o disco e fazendo uma instalação convencional de inicialização dupla. Quando você faz isso, não usa o particionador de disco do Windows para criar partições para o Ubuntu; basta usá-lo para diminuir a partição do Windows e deixar espaço livre para o Ubuntu. Use o instalador do Ubuntu para criar novas partições para o Ubuntu.