Tente executá-lo no terminal.
vba --rtc yourromfile.gba
Se funcionar, deve haver algo errado com sua configuração na versão gráfica. Você pode jogar mais ou apenas começar a executar o VBA a partir do terminal.
Se você quiser uma lista completa de opções que você pode dar ao VBA, digite man vba . Há mais coisas lá do que na versão gráfica.