Você está recebendo o e-mail (novamente) porque no seu último sistema, você deve ter desmarcado "remover mensagens no servidor após o download". Em Sylpheed, você pode fazer isso em settings > accountsettings :

Comovocêpodevernesteexemplodepopaccount,vocêpodefazerissomarcandoaopção("remover mensagens após x dias", torná-lo 0 para remover imediatamente).
Se você usa o Gmail, pode usá-lo como uma conta pop, por conveniência, com as mesmas opções de configurações.

Informaçõesadicionais:
Sevocêfizerasconfiguraçõesacima,oe-mailnãoserábaixadonovamentepormeiodasuacontapop,nemmesmoemumanovainstalação.Noentanto,elescontinuarãodisponíveisusandooGmailnoseunavegador,amenosquevocêalterealgumasconfiguraçõesnositedoGmail.Sevocêquiserremovercompletamenteoe-mailquebaixoupelasuacontapop,acesseositedoGmail,cliquenoíconedeconfigurações(arodadeengrenagemnocantosuperiordireitodajanela)ealtereasconfiguraçõesnaseçãopoppara
ifthemessagesareopenedwithpop,removeGmailcopy(vejaabaixo)