Sou um cientista biomédico e estou com problemas para executar um pipeline personalizado de análise de dados escrito por um dos nossos colaboradores. Seu script falha com
/bin/sh: 1: /usr/local/bin/FastQC/FastQC_v0.10.1: Permission denied
make[2]: *** [/home/kat/gentrap.git/gentrap_OUT/1_Bira_TAAGGCGAGAGTAG_R1.fastqc] Error 1
make[2]: Leaving directory '/home/kat'
A questão é que eu já me tornei o proprietário de /usr/local/bin/FastQC ( sudo chown -R user:user /usr/local/bin/FastQC ) e me concedi permissões de leitura / gravação / executáveis ( sudo chmod -R +rwx /usr/local/bin/FastQC ). Eu tentei listar as permissões com ls -la e estou um pouco confuso com a saída:
drwxr-xr-x 3 kat kat 4096 mei 8 14:20 .
drwxr-xr-x 5 root root 4096 mei 8 14:20 ..
drwxr-xr-x 7 kat kat 4096 mei 8 14:20 FastQC_v0.10.1
Pelo que entendi, isso significa que eu sou o proprietário do diretório atual e o subdiretório FastQC_v0.10.1 , e eu deveria ter todas as permissões. Raiz é o proprietário do diretório pai, que seria /usr/local/bin . Estou lendo esta saída corretamente? Por que o script estaria falhando devido a permissões insuficientes?
Eu recebi o mesmo erro. Acabei colocando o FastQC em /usr/share , como muitos outros pacotes foram colocados lá, e coloquei um link para /usr/local/bin , como sugerido pelo guia de instalação. Então eu mudei as permissões para arquivos em FastQC .
sudo ln -s /path/to/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc
sudo chmod -R 755 /path/to/FastQC
Acho que /usr/local/bin/FastQC é um diretório com links simbólicos e, como você disse que já é o proprietário, provavelmente será necessário adicionar a permissão de execução ao local original em que o programa fastqc está. Observe também em que etapa o script falha - o script está tentando criar arquivos / diretórios em lugares para os quais você não tem permissão, etc.
sudo chmod -R +rwx /usr/local/bin/FastQC
Deve ter definido o sinalizador de leitura / gravação / execução como /usr/local/bin/FastQC e seu conteúdo para o proprietário, para o grupo e para os outros, mas da sua saída ls -la o grupo e os outros não possuem o sinalizador de gravação :
drwxr-xr-x 3 kat kat 4096 mei 8 14:20 .
[...]
drwxr-xr-x 7 kat kat 4096 mei 8 14:20 FastQC_v0.10.1
Embora isso possa não ser um problema, parece que chmod falhou de alguma forma.
A primeira coisa que eu tentaria seria executar chmod -R +rwx /usr/local/bin/FastQC novamente e verificar se /usr/local/bin/FastQC e suas pastas / arquivos internos (que podem não ter os sinalizadores de leitura / gravação / execução definidos para o proprietário já) estão realmente definidos para serem lidos / escritos / executados pelo proprietário.