Na minha opinião, mantê-lo montado ou desmontado deve ter um efeito insignificante se afetar o desempenho do seu sistema. Eu tenho um 2 TB externo que fica montado o tempo todo e eu não notei nenhum efeito nocivo no meu sistema. Eu só tenho que girar para baixo quando não está sendo acessado por isso não se desgasta. Agora, se você tiver um software de pesquisa para indexar essa unidade e coisas dessa natureza, então, sim, isso pode afetar esses serviços, mas, no geral, não acho que daria qualquer dano deixá-lo montado.