O sinalizador de inicialização só se aplica ao Windows, o grub não usa o sinalizador de inicialização. Mas algumas placas-mãe têm um BIOS que precisa ver um sinalizador de inicialização, então ainda sugerimos que você tenha uma em uma partição primária.
Depende do outro sistema que você instala. A maioria dos sistemas instalará seu gerenciador de inicialização no MBR sobrescrevendo seu carregador de boot atual no MBR.
Se esse sistema for outro Linux com o grub2, você pode simplesmente inicializar no Ubuntu e rodar isto para reinstalar o grub do Ubuntu em MBR de sda, se esse for o seu disco.
sudo grub-install /dev/sda
sudo update-grub
Você também pode usar o Supergrub para inicializar sua instalação ou usar o Reparo de Inicialização para instalar o grub no seu MBR.
Se a outra instalação for o grub2, ele poderá se lembrar de onde foi instalado e, em grandes atualizações, reinstalar seu grub no MBR. Você é um reparo novamente, mas pode ser capaz de desconfigurar os locais de reinstalação ou instalar originalmente o grub no PBR ou no setor de inicialização da partição. O PBR não inicializa sozinho e é apenas um local, então você não tem problemas.
para que o grub2 se lembre de onde reinstalar as atualizações:
sudo dpkg-reconfigure grub-pc
Digite as primeiras páginas, a barra de espaço para escolher / não selecionar a unidade, insira para aceitar, não escolha partições normalmente. Se você não quer que ele reinstale, escolha tudo.