Simples: não formate essas duas partições.
Marque os tamanhos das partições para confirmar durante a instalação. D: provavelmente será nomeado sda2 e E: provavelmente sda3 no Ubuntu / durante a instalação. C: será sda1. Isto é, se estes estiverem no primeiro disco rígido. Se você tiver dois discos, 'a' será 'b' (e assim por diante).
Mas é claro que você faz um backup de algo importante.