IMO é melhor usar uma das duas opções. Primeiro, seria algum tipo de virtualização, por exemplo, lxc, openvz ou KVM. Esta opção fornece a maior separação.
Sua segunda opção, e talvez melhor, é usar um recurso chamado "diretórios base".
sudo a2enmod userdir
Reinicie o daemon apache2 com o seguinte comando
sudo service apache2 restart
Ceate pasta “public_html” nos diretórios home, então defina a permissão public_html para 0755
mkdir ~/public_html && chmod 0755 ~/public_html
Configure seus hosts vitruais para usar / home / user_name / public_html como a raiz da Web.
Veja:
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