Acho que o primeiro grande obstáculo a ser enfrentado é ter portas de interface de unidade suficientes para esse número de unidades e, em seguida, garantir que o gabinete tenha energia e capacidade de refrigeração suficientes para esse número de unidades também. Se isso puder ser resolvido, então a pergunta será qual tipo de RAID você vai executar ou usar múltiplos RAIDs?
O suporte a RAIDs de hardware é bastante bom, embora nem todas as placas RAID sejam totalmente suportadas ou sem problemas. O Ubuntu / Linux é flexível o suficiente para lidar com várias configurações RAID de software em uma única caixa.
Em última análise, você precisa combinar suas necessidades de velocidade / redundância e sua combinação de unidades para determinar o que as configurações de RAID vão fornecer para cada finalidade.